1956年1月17日，总参作战部将美军高空侦察气球13日进入领空的情况上报。陈赓指示：对进入领空的美军气球应查明位置坚决击落，不必请示。作战部向空军司令部、防空军司令部传达了陈赓的指示，同时要求总参三部及时向空军司令部、防空军司令部通报美军侦察气球的情况。18日，由陈赓签发总参谋部关于组织防空兵力击落美军侦察气球的指示。

　　23日，作战部报经陈赓并送呈周恩来批准，答复沈阳军区，同意苏军飞机在跟踪追击的情况下入境打气球。2月10日，总参谋部通报，向有关部队介绍苏军击落气球的经验，要求部队提高警惕，严密监视，积极攻击。2月中旬，作战部专门召开会议研究击落气球问题，并组织苏联及各人民民主国家驻华武官参观被击落的气球。

　　由于美军高空侦察气球频频侵入中国领空，进行侦察骚扰。在陈赓的组织领导下，空军司令部和防空军司令部想方设法击落美军高空侦察气球。后来，总参某部采用科技手段，不放一枪一炮，无须升空截击，无线电控制气球，让它按照指令自动坠落下来。陈赓得知后高兴地蹦了起来，立即报告周恩来、彭德怀等中央军委领导，并指示该部要继续努力，务歼全部入侵之敌。对有功人员要给予重奖。

　　3月20日至22日，陈赓主持召开有关军区、各军兵种及总后勤部、总军械部和总参谋部各部负责人参加的会议，对总参谋部拟制的作战计划草案进行讨论。会议认为，作战计划符合军委扩大会议精神，所提各项措施是切实可行的。

　　3月31日，军委第62次会议决定，粟裕因病休养半年，总参谋长工作由陈赓代理。

　　6月2日，陈赓参加聂荣臻奉周恩来指示召集的商讨为导弹研究院选调技术骨干的会议。

　　6月5日，陈赓出席总参谋部在京召开的全军机要工作会议并讲线日，写报告给彭德怀，就地方对军队侵犯群众利益的意见提出改进措施以密切军民关系。

　　8月1日，在京主持中国人民解放军建军29周年招待会，招待各国驻华武官及武官处工作人员。

　　8月11日，参加接见中国新民主主义青年团解放军总直属队第一次代表会议的全体代表并合影留念。

　　11月20日，中央军委通知，中共中央决定增补陈赓为中共中央军事委员会委员。

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　　2月28日至3月3日，陈赓与彭德怀、总政治部主任谭政一起到南京军事学院检查工作。

　　当时军事学院战役系是毛泽东为落实“三化”（革命化、正规化、现代化）建军方针，培养组织与指挥现代战役军团的高级将领而开设的。全军选调52名正军职以上的高级干部从1954年至1957年底，系统地学习组织指挥现代战役的军事理论。

　　院长兼政委刘伯承对这批将军学员寄以厚望，要求严格，要战役系学员成为全院同学的表率与带头人。学员们都不甘落后，积极勤奋学习，努力通过学习提高军事 理论水平，为军队“三化”建设作出自己应有的贡献。由于参加学习的将军们年纪偏大，文化程度不一、身体强弱状况也不齐，由于学习生活也很紧张，因此有的同志血压增高等症状出现了。于是，有人向中央军委写信反映战役系学习负担过重，压垮了身体，在教学中存在“教条主义”问题等。

　　陈赓到军事学院后，到战役系看望学员，耐心听取学员的意见，实事求是地帮助学员解决问题。他邀请学员一起吃饭，共叙战友之情。使许多学员变压力为动力，增强了克服困难的信心。

　　3月5日，陈赓与彭德怀、谭政一起在工程兵司令员陈士榘等陪同下，视察南京军区。勘察了宁、沪、杭地区和舟山、嵊泗列岛的地形，检查了部分国防工事，就地研究了该方向的设防和战场建设等问题。

　　在南京整整工作11天，检查了军事学院、总高级步校及南京军区的工作。收获确是不小，但是没有得到休息。失眠又发作，只好恢复吃水药，吃水药后又可以每夜睡到6小时了，只是没有水药就不行。明天准备去长江两岸及宁沪线上作实际勘察，预料半个月后才能到达上海，这样的勘察旅行，可能对我的身体有好处。这次在南京，曾乘暇去雨花台凭吊烈士，在许多陈列的照片中，发现了很多是我过去的老战友和难友，一时情不自禁，潸然泪下，因此，想到我还活着，较之他们（烈士）占了大便宜，若果我还不振作，如今有些疲惫感的话，那我太对不起他们了。

　　这几天总是想着您和儿女们，涯子的活泼天真时时绕着我的心灵，有时竟想早些言归，但我不能这样做。你们的情况希望得到您的报知，到上海后无论如何要通一次电话。我这次准备到宁波，我很想去沥海所一游。到上海再写信给您。祝

　　天到了上海。沿途勘察地形，经过无锡、镇江、苏州、嘉兴等地，特别是太湖这是我平生第一次到达，风景之美，实是出我意料之外，即西湖也不能超过它。不巧的是我们这次两遇寒流，气温均在零度左右，这又是美中不足。

　　我们按预订计划提前几天到了上海，刚下汽车，柯庆施等即来迎接我们，柯笑着递给我一封信，阅之是你的信，这真是意外之财，此时也顾不得与迎接者寒暄，即拆函阅读，引得人家一场大笑。您真聪明，这样的做法给我安慰，就简直无法形容。几天来在上海不是开会就是勘察地形，偷闲去了璇妹家一次，老太太特别健康，她和璇妹很想来北京看看我们。

　　进树涯子是那样的健康活泼，涯子又是那样多情，真使我要高兴得跳起来，而且诱起我的思家之情。我们在上海仅有7天计划，18日即将去海上勘察岛屿，然后经宁波到温州之线，也许还要去浙东海面（一江山、大陈）一次。失眠症仍在继续，每晚必须服药才可入睡。到温州后再写信给你们。祝

　　7天的海上生活，虽未遇险风巨浪，我却弄得头晕目眩。四日由舟山经宁波到温州，终因时间关系未能去您的沥海所，甚以为憾。这次出游所经海岛我均随人攀登，未落人后，过去的气喘这次证明已好些，但脚力已不如以前了。到温州时因失眠关系，服安眠药过了量，因而引起头晕，稍一不慎，跌了一跤，现肋部有些隐痛，呼吸咳嗽均受影响，在温州找了一个中医吃了一些药，昨日经金华时又找人按摩了，昨晚到杭州又请了一位有名的按摩专家推（拿）一番，今日已显得好一些了。这几天失眠症反而好了一些，昨晚未服安眠药，已经睡了足足5小时。准备在杭州停两天，然后经天目山去芜湖再到南京，总结此行，提出勘察具体意见，大约12日以前可以抵家。我想您及儿女们已想得发慌，现在归心似箭。回家时小涯子大概已不认识爸爸了。祝你们好，吻你及建进树涯

　　写这封信时，陈赓还有一个“小秘密”没有详细告诉傅涯，那就是他在温州滑倒在澡堂里，摔得可不轻，摔断了三根肋骨，腿上的旧伤又添新伤，两天两夜疼痛得不能入睡。不过工作照旧，伤痛不过是避重就轻的向夫人报告一下。等陈赓回到北京，傅涯才知道问题的严重性，因为陈赓是被人用担架抬回家的……

　　50年代中期，国民党军飞机连遭打击后，从1957年开始，使用B-17G飞机进行暗夜、低空窜扰活动。2月26日，总参谋部发出关于组织打击窜入大陆内地活动的国民党军飞机的指示，部署航空兵和高炮部队进行防空作战，并要求提高情报、通信和指挥引导等保障能力。

　　7月份，陈赓又率领总参作战部雷英夫等人到广州、福州军区检查工作。在边海防前线，陈赓发现，虽然解放军夺取了福建和粤东区的制空权，迫使国民党军飞机停止了对大陆的空中轰炸。但是国民党军飞机改为以侦察袭扰为主后，使用战术侦察机、夜间低空侦察机及高空侦察机继续对东南沿海地区和大陆纵深进行夜间侦察和高空侦察。

　　陈赓指出：防空作战多偏重于对付敌大规模的袭击，对打敌单双机偷袭重视不够，今后除应准备对付敌机大规模袭击外，还必须增加同敌单机、小机群的侦察破坏活动作斗争。

　　8月24日，中央军委批准陈赓检查广州军区和福州军区工作的报告。报告分防空作战、备战、设防和整风反右派斗争四个问题。关于防空作战，陈赓提出在相当时期内，防空作战的主要对象是国民党军飞机袭扰活动，担任防空任务的军队，必须树立积极主动的作战思想。关于备战，提出海防部队应拟制并熟悉应付敌袭扰活动的各种作战方案，使部队和有关人员明确自己的任务和行动方法。

　　当年11月20日夜间，1架B-17G飞机，先后窜至福建、江西、湖南、湖北、河南、山东、河北等地，驻上述地区航空兵部队先后起飞歼击机18架次，层层拦截，但未获战果。陈赓根据周恩来关于应用一切方法将国民党飞机击落的指示，迅即在总参作战部召集有关部门研究对策。会后，总参谋部下发《对打击蒋大型机深入大陆进行窜扰活动的作战指示》。指示要求北京、上 海、广州、重庆等地驻军应高度警惕，加强戒备，坚决击落夜间深入大陆内地活动的国民党军飞机。并对各军区夜间防空作战问题作出规定。还强调要切实加强空情掌握与上报。

　　陈赓还向中央军委写出《关于1957年国民党飞机窜入大陆活动情况和加强防空作战部署的报告》，彭德怀审阅后呈报毛泽东。毛泽东于12月18日批示，“彭德怀同志，非常必要，请你督促空军全力以赴，务歼入侵之敌。”

　　第二年5月，空军在广州召开落实毛泽东指示的防空作战会议，确定了航空兵夜间作战布防方案。防空部队在训练中也着重攻破发现关、截获关、射击关的各项战术技术措施。1959年5月29日夜，空军航空兵第18师击落敌B-17G侦察机1架。

　　1957年11月15日，总参谋部在上海组织课目为在使用原子、导弹、化学武器条件下方面军抗登陆战役的战役集训，参加集训的有各总部、各军兵种、各军区及军区各兵种，高级院校的首长，以及军事学院战役系学员，总共309人。

　　陈赓大将任总导演，总政治部副主任甘泗淇上将任副总导演，许光达大将，李达上将、彭绍辉上将、陈士榘上将、陈伯钧上将、洪学智上将、阎揆要中将、曹里怀中将、刘道生中将、王尚荣中将、万毅中将、 陈锐霆少将等为小组教员。苏军总顾问率领顾问和译员共82人进行协助和指导。

　　集训于12月4日结束。陈赓在集训总结中指出，集训中对敌我力量估计、歼敌于陆上、阵地战结合运动战、战役布势、防御工事体系、指挥关系和该方向作战方案等问题曾有很大争论，但最后取得了比较一致的认识，达到了预期的目的。陈赓说：集训根据积极防御的战略方针，从敌强我弱的装备条件出发，研究了战争初期抗登陆战役的指导原则和上海、南京方向可能的作战方案，统一了认识。陈赓还对上海、南京方向抗登陆战役中的一些问题作了解答。